Dominio Eukarya

El dominio Eukarya incluye a todos los microorganismos con estructura celular eucariota así como a las plantas y los animales, que son los eucariotas mas recientes desde el punto de vista evolutivo. Los Eucariotas mas antiguos son los de estructura mas sencilla y carecen de mitocondrias y de otros orgánulos celulares importantes, presentan en la mayoría de los casos, deficiencias metabólicas y son parásitos patógenos del hombre y otros animales.
La teoría endosimbiótica postula que la célula eucariótica moderna, evolucionó en etapas mediante la incorporación estable de simbiontes quimiorganotrofos y fototrofos del dominio Bacteria, que pasaron a ser mitocondrias y cloroplastos, respectivamente. Estos orgánulos, auténticas factorías de energía, permitieron una explosión de diversidad biológica a las células eucarióticas. El periodo comprendido entre hace 1500 millones de años y el presente fue testigo de la aparición y diversificación de los microorganismos eucarióticos unicelulares y los metazoos que culminó con las plantas y animales superiores.
Dentro del dominio encontramos organismos Fototrofos, como las Algas, que están distribuidos en ambientes terrestres y acuáticos y que son los principales productores primarios en la naturaleza.
Los Hongos, heterotrofos, son importantísimos en los procesos de biodegradación y reciclaje de materia orgánica en los suelos y otros ecosistemas. Ambos grupos presentan paredes celulares, salvo los hongos mucosos.
No ocurre lo mismo con los Protozoos, que son móviles y carentes de pared celular. Se encuentran en hábitat acuáticos y muchos son patógenos de animales y del hombre.
En el árbol filogenético varios eucariotas microscópicos como Diplomónadas, Microsporidios o Tricomónadas, representan los linajes mas antiguos, mientras que los Metazoos son los mas evolucionados.Las algas, están repartidas por todo el árbol eucariótico, en linajes relativamente recientes, mientras que los hongos, exceptuando los Oomicetos, forman un grupo bastante reciente y muy compacto desde el punto de vista filogenético.